公衛所屬科所合一運作，除了公共衛生研究所，另有醫學系「公共衛生學科」與「醫學人文暨教育學科」，兩學科原為同一個學科「公共衛生暨醫學人文學科」(Department of Public Health & Medical Humanities)，經過多次組織變動，自110學年度起以兩學科的形式運作至今。

公共衛生暨醫學人文學科之前身為社會醫學科(Department of Social medicine)，於民國66年成立，95年8月1日社會醫學科更名為公共衛生學科，而為使課程規劃更符合名稱意涵，又於102年8月1日更名為公共衛生暨醫學人文學科，負責醫學系相關課程教學業務。自91年9月起，為強調醫師訓練中之人文及倫理教育，培養醫學系學生終生學習的觀念，乃開設「醫學人文」課程以強化醫師之專業道德倫理，並培育醫學生服務病患之精神，課程內容主要分成「醫學人文與社會」及「公共衛生」兩大領域。

「醫學人文與社會」領域強調「修身」的概念，探索發展符合現代學生需要的人文、倫理與醫德教育，協助醫學生在成為醫師的過程中，及早建立正確的價值觀與職業倫理；課程規劃共12個必修/必選學分，及3學分選修，必選修為本學科特殊之課程規劃，學生需於多種課程中至少修畢最低要求學分數。旨在養成學生之人文素養，提供專業與人性化的醫療照顧，協助醫學生在成為醫師的過程中，及早建立正確的價值觀與職業倫理，具備更宏觀的「系統思維」與「社會責任」，培養醫學生對「生命」的尊重、關懷、感動與熱情。本領域現由「醫學人文暨教育學科」負責。

「公共衛生」領域則分析影響人口健康的因素和社會環境問題，包括新科技、制度、社會變遷相關的健康照護議題，探索醫師與社會環境之間的關聯與角色；課程規劃共6學分，全部為必修，旨在加強醫學生所必須的社會科學訓練，協助醫學生培養勝任臨床醫師所需之，有關照護脈絡（context of care）的知識、技能和認知的能力，培養關懷弱勢及相關的健康照護議題的能力，透過小班教學，擴大選課機會，鼓勵學生參與，強化學生解決問題的能力，符合現代學生需要的人文、倫理與醫德教育。本領域現由「公共衛生學科」負責。